Le operazioni proseguono ininterrottamente fin quando un'esplosione dalle stive accelera drammaticamente l'affondamento. Ormai la distanza tra la nave e la parete di roccia rende i salti quasi impossibili. Quando il 349 inizia a spezzarsi in due, gli uomini rimasti la stanno abbandonando da centro nave con le zattere di salvataggio. Purtroppo da quel punto non è possibile raggiungere la scogliera principale ma solo le grosse rocce contro cui la nave urta; queste distano circa 30-40 m dalla terraferma. Il capitano Robert W. Emmons è l’ultimo a lasciare la nave e rimane isolato, sullo scoglio più esterno, insieme al primo ufficiale David A. Dyer, il medico di bordo Jean H. Wolfs ed alcuni prigionieri tedeschi.
La situazione è veramente drammatica: equipaggio e prigionieri sono divisi fra la terraferma ed i due grossi scogli. La nave, ridotta a due tronconi, affonda definitivamente esponendo alla furia del mare in tempesta gli uomini abbarbicati sulle rocce. La guarnigione inglese, gli abitanti di Ponza e gli uomini sulla terraferma cercano di organizzare un sistema di cime per recuperare quelli rimasti sugli scogli e prestare soccorso a chi finisce in acqua. Il salvataggio prosegue incessantemente fino al recupero di tutti i superstiti.
Alla fine delle operazioni mancano all’appello il primo ufficiale David A. Dyer ed il medico Jean H. Wolfs, gettati in mare da un’ondata prima che una cima di soccorso potesse raggiungerli. Anche il marinaio Anderson è scomparso, inghiottito dalle onde. Un ufficiale di volo della RAF, Fred Goddard, appartenente alla guarnigione inglese di stanza a Ponza, cade in acqua per soccorrere un prigioniero tedesco; lotta per più di un’ora cercando di rimanere a galla senza che nessuno possa aiutarlo. Il suo corpo non è stato mai più ritrovato. Gli abitanti di Ponza e gli inglesi si prodigano nei soccorsi offrendo cibo, vestiti puliti e riparo per le notti successive. Il corpo di David Dyer viene ritrovato il mattino seguente mentre il marinaio Anderson, affamato e infreddolito, raggiunge a piedi il paese sotto gli occhi increduli di tutti. Le onde lo avevano sbattuto in una piccola grotta marina, all'interno della quale aveva dormito riparandosi dalla tempesta; uscito a nuoto alle prime luci del giorno, era stato tratto in salvo da un pescatore che passava lì vicino. Nei giorni successivi il mare restituisce il corpo di vari prigionieri tedeschi e del medico di bordo Jean Wolfs. Il prete del paese celebra una cerimonia funebre in una chiesa di Ponza e i corpi vengono seppelliti nel cimitero posto nella parte più alta dell’isola. Non è il cimitero del paese ma uno creato esclusivamente per i militari morti, restituiti dal mare in quegli anni di guerra; ogni tomba ha una croce in legno che riporta le poche informazioni disponibili. Molti erano stati trovati sulle spiagge il mese prima, tutti provenienti dalla stessa nave; la croce riportava: “Soldato americano sconosciuto, 1944”.
Dopo pochi giorni un LCI (mezzo anfibio per trasporto truppe) inglese arriva da Napoli e riporta i superstiti nella città partenopea; in seguito i marinai vengono trasferiti a Biserta con un altro LCI americano. La marina statunitense apre una commissione d’inchiesta sul naufragio ed il capitano Emmons riceve un rimprovero ufficiale per l’accaduto.